Wataha beginnt mit einem Bombenanschlag, der Offiziere einer Grenzschutzeinheit in den Beskiden tötet, einem Grenzgebirge zur Ukraine im Südosten Polens. Nur Hauptmann Rebrow (Leszek Lichota) überlebt, doch er hat seine Freunde und seine Verlobte Ewa bei dem Anschlag verloren. In seiner Verzweiflung versucht er, das Attentat zu ergründen und herauszufinden, wer dahintersteckt.
Auch seine Vorgesetzten sind entschlossen, die Wahrheit aufzudecken. Die offizielle Untersuchung wird von der Staatsanwaltschaft geleitet. Zur Klärung der Angelegenheit wird Major Konrad Markowski (Andrzej Zieliński) nach dem Anschlag in die Beskiden abkommandiert, um ein neues „Rudel“ zu bilden. Er kommt mit Natalia Tatarkiewicz (Magdalena Popławska) im Schlepptau, einer neuen Kandidatin für den geheimen Grenzschutz. Natalia sieht sich gezwungen, ihre Vorstellungen von der Grenzschutzarbeit mit der Realität der Beskiden in Einklang zu bringen. Die Einheit wird durch Adam „Grzywa“ Grzywaczewski (Bartłomiej Topa) verstärkt, der früher schon einmal in dieser Einheit gedient hatte und dem Markowski nun das Kommando überträgt. Grzywa zieht mit seiner Frau und deren neugeborenem Sohn in die Beskiden, dessen leiblicher Vater ein anderer ist.
